Вчені з Великобританії проаналізували тисячі геномних послідовностей нового коронавірусу і виявили у SARS-CoV-2 низку мутацій, які з'являються в різних лініях вірусу незалежно, що свідчить про його власну адаптацію до людини. Результати досліджень опубліковані в журналі Infection, Genetics and Evolution.
Перша повна послідовність генома нового коронавірусу була представлена в січні цього року. Відтоді вченими різних країн були секвеновані близько 11 000 повних геномів SARS-CoV-2. Ці дані дозволяють зрозуміти історію поширення вірусу, відстежити зміни в його структурі, допомагають розробляти вакцини і ліки.
Біологи з Університетського коледжу Лондона представили в новій роботі результати аналізу 7 666 різних збірок генома SARS-CoV-2. Це безпрецедентне відповідно до географічного і тимчасового охоплення дослідження еволюції вірусу, що викликав пандемію COVID-19.
Дослідники підтвердили, що у всіх варіантів вірусу був один спільний предок, який в 2019 році вперше інфікував людину. Це однозначно відбулося не раніше 6 жовтня і не пізніше 11 грудня 2019 року. Автори повністю відкидають ймовірність того, що SARS-CoV-2 був поширений серед людей до цього.
Але відтоді в світі з'явилося безліч різноманітних штамів нового коронавірусу, і не завжди ці штами мають географічну прив'язку. Наприклад, в одній тільки Великобританії, де проводилося дослідження, різноманітність штамів виявилася майже такою ж широкою, як у всьому світі. Автори пов'язують це з тим, що вірус туди завозили неодноразово.
Аналіз різноманітності геномів SARS-CoV-2 виявив 198 мутацій, які незалежно виникали в геномі кілька разів на різних лініях вірусу - таке явище називається гомоплазією - і викликали так звані несинонімічні зміни на рівні білків. Це говорить про те, що коронавірус, який зародився в організмі тварин, продовжує пристосовуватися до життя в людському організмі, вважають вчені.
Але є в геномі і консервативні ділянки, в яких мутації виникають вкрай рідко. На думку авторів, саме на ці області варто звернути увагу при розробці вакцин і ліків, оскільки в цьому випадку менша ймовірність, що вірус зможе ухилитися від дії препарату в результаті наступних мутацій.
Дослідники порівняли отримані результати для SARS-CoV-2 з даними щодо близькоспоріднених вірусів SARS-CoV-1 і MERS-CoV, в геномних послідовностях яких також фіксувалися факти гомоплазії. Всього в порівняльному аналізі брали участь 15 збірок для SARS-CoV-1 і 255 збірок для MERS-CoV. Вчені виявили шість гомоплазій для SARS-CoV-1 і 350 гомоплазій для MERS-CoV, що свідчить про те, що ці два коронавіруси також пройшли шлях адаптації до людини.
Автори розробили новий інтерактивний онлайн-додаток з відкритим вихідним кодом, щоб дослідники по всьому світу могли аналізувати геноми вірусу і застосовувати аналогічні підходи для вивчення його еволюції.
Нагадаємо, в Україні зафіксований найвищий рівень смертності з початку пандемії COVID-19.